Ngày 17/04/2018, Bộ Công an đã ra quyết định khởi tố bị can, lệnh bắt tạm giam đối với Phan Hữu Tuấn về hành vi "Cố ý làm lộ bí mật Nhà nước" quy định tại Điều 337 Bộ Luật Hình sự năm 2015,[9] vì liên quan đến vụ án của ông Phan Văn Anh Vũ (tức Vũ "Nhôm"). Trước đó trong cùng ngày 17 tháng 4, Chủ tịch nước Việt Nam Trần Đại Quang đã kí quyết định tước danh hiệu Công an nhân dân đối với Phan Hữu Tuấn. Sau một ngày xét xử, chiều 31/7, TAND TP Hà Nội tuyên phạt Phan Hữu Tuấn 7 năm tù về tội nêu trên.[10] Chiều 30/1/2019, TAND Hà Nội xử phạt Phan Hữu Tuấn thêm 5 năm tù về tội Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ. Với 7 năm tù liên quan đến vụ án khác, bị cáo này tổng lĩnh 12 năm tù.[4]